Pada suatu hari, seorang pelajar sekolah menengah tinggi Akihito Kanbara menyelamatkan rakan sedarjahnya, Mirai Kuriyama secara naluri untuk mengelakkannya membunuh diri. Setelah merayukannya, Mirai secara tiba-tibanya menusuk Akihito dengan sebilah pedang hasil darahnya dan agak terkejut untuk mengetahui bahawa Akihito ialah seorang "youmu-separa"—anak kepada makhluk ghaib, dikenali sebagai youmu, dan seorang manusia. Setelah mengetahui bahawa Mirai ialah seorang Pahlawan Dunia Arwah (異界士, Ikaishi) (Bahasa Inggeris: Spirit World Warriors)—pakar yang melindungi manusia daripada diganggu youmu—dan ahli klan memburu arwahnya yang terakhir dan masih hidup, hidup mereka berkait sesama sendiri sedang Akihito membantu Mirai meraih keyakinan untuk membunuh youmu supaya dia dapat berhenti mencuba untuk membunuhnya sebagai praktik.

Dalam Beyond the Boundary, youmu (妖夢, yōmu, mimpi syaitan) merupakan makhluk ghaib yang wujud sepanjang jalan cerita dan hanya boleh dinampakkan oleh orang yang memiliki kuasa ghaib. Mereka dikatakan sebagai kewujudan luaran permusuhan manusia seperti emosi buruk yang termasuk kebencian, cemburu dan niat jahat dan oleh itu selagi manusia wujud, selagi itulah youmu wujud. Mereka boleh wujud dalam pelbagai bentuk dan rupa dengan sesetengah daripada mereka memiliki wajah manusia. Terdapat juga kes yang jarang berlaku apabila seorang youmu dan seorang manusia berteman dan melahirkan anak yang dikenali Youmu-separa (半妖, Han-Yō, "syaitan separa"). Kebanyakan youmu adalah jinak dan wujud bersama manusia yang tidak menyedari kewujudan mereka. Bagaimanapun, ada masanya kelakuan youmu mengganggu keseimbangan, dan Pahlawan Dunia Arwah telah dihantar untuk membunuh mereka. Setelah mati, seekor youmu menghasilkan sebuah Batu Youmu (妖夢石, Yōmu Ishi, Youmu Stone) yang boleh dinilai dan diperdagangkan, dan menawarkan sumber keuntungan untuk Pahlawan Dunia Arwah.